Il Museo di Palazzo Pretorio è stato chiuso nel 1998, per consentire un complesso intervento di restauro. Il terzo piano del palazzo era stato chiuso già dal 1983, per procedere alla ristrutturazione del tetto.

La storia dei restauri recenti prese però il via nel 1986, quando fu affidato a Gae Aulenti e a Bianca Ballestrero l’incarico di un vasto progetto che comprendeva il Palazzo Pretorio e tutti gli edifici adiacenti. La proposta fu negli anni successivi fortemente ridimensionata, per problemi di vario ordine, finché nel 1998, per consentire l'avvio dei lavori di consolidamento statico dell'edificio, il Museo venne chiuso e le opere lasciarono il palazzo.

I lavori proseguirono con varie difficoltà; infine nel 2009 il progetto venne rivisto dai tecnici dell'assessorato ai lavori pubblici del Comune, che vi apportarono alcune modifiche, ad esempio riportando l’ingresso principale dalla piazza.

Con gli ultimi interventi sono state recuperate anche le decorazioni interne del palazzo, riportando all’antica bellezza gli stemmi dei podestà, gli affreschi sulle pareti e i meravigliosi soffitti lignei dipinti, mentre l’intero edificio è stato adeguato alle nuove esigenze di fruizione e di conservazione, pronto ad accogliere il rinnovato Museo.